陆军军官的叛乱，极大地震动了日本统治集团。陆军统帅部虽然最初有过动摇，甚至发表了《陆军大臣告示》那样的文件，但很快做出了对叛乱部队进行讨伐的决定。这是多种因素促成的。
首先，具有“绝对尊严”的天皇，因部队叛乱和亲信近臣被杀，感到十分震惊和愤怒。他曾言道： “将朕最信赖之老臣，悉数杀害，如同把绞索套在朕的颈上一样。”故而从一开始就主张坚决镇压。事件发生后，天皇每隔二、三十分钟就召见一次侍从武官本庄繁，要他督促尽快平息叛乱。27日，当天皇知道对叛乱部队尚未采取行动时，愤怒地对本庄繁说：“朕将亲率近卫师团，平息叛乱。”这当然要对军队首脑产生影响。
其次，作为日本军队重要组成部分的海军，从一开始就对叛乱部队极为仇视。这不仅因为几个被杀或被袭击的大臣，如斋藤实、铃木贯太郎、冈田启介等都是海军大将，更主要的是，他们担心叛乱成功，军政权建立，会导致陆军的独裁。所以他们在军令部总长伏见宫博恭王的主持下，断然采取坚决镇压方针，把正在九州训练的联合舰队开进东京湾和大阪湾，并从横须贺调来海军陆战队为海军省警卫，以此牵制陆军。
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