新任命的首相图西族人阿尔班·尼亚莫尼亚由于在部族问题上的偏向态度，使布隆迪的部族冲突又起，影响到社会的安定。1965年1月11日，姆瓦姆布扎国王被迫撤回对尼亚莫尼亚内阁的信任，不得不再度任命胡图族恩根丹杜姆韦为首相，希望他能缓解部族矛盾和平息社会骚动。但当恩根丹杜姆韦1月15日去医院看望分娩的妻子和婴儿时，在医院门口被一群来自邻国卢旺达的图西族难民杀害，立即引起布隆迪政局的动荡。随后姆瓦姆布扎国王任命他的堂兄莱奥波特·比胡穆加尼为首相。10月，宪兵部队中的胡图族官兵发动叛乱，比胡穆加尼首相被打成重伤，后赴欧洲治疗。
王储篡位
姆瓦姆布扎国王吓得逃到欧洲，但却命令武装部队司令部进行镇压。宪兵部队的叛乱被镇压下去后，当局立即开始大规模逮捕反对派，从工会领导人到胡图族的著名人士不少人被处决。
姆瓦姆布扎国王逃到欧洲避难后，让其宠爱的幼子夏尔·恩迪泽耶王储回国，以摄政王身份代理朝政。夏尔·恩迪泽耶王储虽只有19岁，但却怀有很大的政治野心，想登上国王的宝座，他决定利用其父王远在欧洲的机会篡权。由于他在朝野还未树立起威望，又缺乏亲信，不得不寻求武装部队的支持。以国防国务秘书米歇尔·米孔贝罗上校为首的武装部队的少壮派军官具有资产阶级的民主思想，反对封建君主制度，特别对姆瓦姆布扎四世的专横残暴以及部族偏见使国家陷于危机的行为不满，主张发动军事政变。夏尔·恩迪泽耶王储和米孔贝罗在推翻姆瓦姆布孔国王这一点上有着共同的要求。于是，几乎在不声不响中就完成了政变。