喇嘛教虽然盛行于蒙古和海、藏，而天山南路，则仍自成其为回教的区域。天山南路，在元时本属察合台汗国。后来回教教主之裔和卓木，入居喀什噶尔，因为人民的尊信，南路政教之权，遂渐入其手。而和卓木之后，又分为白山、黑山两宗，轧轹（yà lì）殊甚。[7]策妄阿布坦曾废白山宗，代以黑山，而质白山酋长的二子于伊犁，是为大小和卓木。[8]清兵定伊犁后，二子归而自立。一七五九年，亦给兆惠、富德等打平。于是从天山南北路以通西域的路全开。葱岭以西之国，如浩罕、哈萨克、布鲁特、乾竺特、博罗尔、巴达克山、布哈尔、阿富汗等，都来通朝贡。清朝对西北的国威，这时候要算极盛了。
其对于西南，则因廓尔喀侵犯西藏，于一七九二年，遣福康安把他打破。廓尔喀人请和。定五年一贡之例。廓尔喀东边的哲孟雄，本来服属于西藏；更东的布丹，则当雍正年间，即已遣使来进贡；也当然成为中国的属国。清朝因为防护西藏起见，乃提高驻藏大臣的职权，令其在体制上和达赖、班禅平等。又颁发金奔巴两个：一个藏在北京雍和宫，一个藏在西藏大昭寺。达赖、班禅和大呼图克图出世有疑义时，就在这瓶中抽签。所以管理西藏的，也渐渐严密了。
