他早年过的是缺衣少食的穷苦日子，中年在军队里，在兵火喧天，白刃相接的戎马生活中度过，四十岁以后，把全副精力处理国事，过分紧张疲劳，五十岁以后，体力便支持不住了，害了心跳很快的病症，宋濂劝他清心寡欲。他又时发高热，好幻想，做怪梦，在梦中还看到了天上神仙宫阙。有时喜怒不常，暴怒到失去常态。特别使他感觉痛苦，影响精神体力的是家庭之间，父子之间的矛盾。
朱元璋的大儿子皇太子标，生性忠厚，长期接受儒家教育，被教养成儒生型的人物。老皇帝过了五十岁以后，精力有点不济了，就要皇太子帮着处理一般政务。一来是分劳；二来也趁此训练这下一代皇帝办事的能力，指望他儿子是汉文帝，不是汉惠帝。但是，父子俩出身不同，所受教育不同，生活实践不同，一个是从艰苦斗争中成长的，一个是在太平环境中成长的，思想作风也就自然不同。老皇帝主张以猛治国，运用法庭监狱特务和死刑震慑官民，使人知惧而莫测共端，皇太子却大讲其周公，孔子之道，讲仁政，讲慈爱，杀人越少越好；老皇帝要用全力消灭内部的敌对力量，巩固皇家统治，皇太子却要照顾将相过去的汗马功劳，照顾亲戚情谊，兄弟友爱，向父亲说情争执，一个严酷，一个宽大；一个从现实政治斗争出发，一个从私人情感出发，父子俩的分歧日渐扩大，有时也不免发生冲突。明朝的野史家传说，宋濂得罪，皇太子为他的老师哭救，朱元璋发怒说：“等你做皇帝赦他!"皇太子惶惧投水自杀，左右赴救得免。又说皇太子谏朱元璋： “陛下杀人过滥，恐伤和气。”朱元璋不作声。第二天故意把一条棘杖放在地下，叫皇太子拿起，皇太子面有难色，朱元璋说， “你怕有刺不敢拿，我把这些刺都给去掉了，再交给你，岂不是好。我所杀的都是天下的坏人，内部整理清楚了，你才能当这个家。”皇太子说： “上有尧舜之君，下有尧舜之民。”意思是说有什么样的皇帝，就有什么样的臣民，朱元璋大怒，拿起椅子就朝他掼，皇太子只好逃走。这两个故事虽然不一定是真实的，但是却反映了他们父子之间的矛盾。