应天十府的达官显贵听说海瑞来了，一个头，两个大，紧张得不得了。有些平时为非作歹的官吏，主动要求辞职，怕海瑞追究他们的过错；世家大族赶紧把红色的门弄脏点，显得不那么气派、奢侈、光鲜亮丽，否则海大人肯定会批评。那些喜欢讲排场的权势者，赶紧减少身边的随从，自觉保持低调。海瑞来到南京后，做了好几件大事。
第一件：整顿官场风气，刹住请客送礼、公款吃喝等不良风气。官员们要严格遵守纪律，杜绝各种灰色收入，清清白白做官，干干净净做人。命令一下，所有官员都沉默了，有的跑到其他地方暂避风头，有的赶紧收手。他们心里都十分讨厌海瑞，因为既得利益少了，该收的红包不能收了，可以享受的福利不敢要了。在他们眼里，海瑞就是个瘟神，自己不懂得享受，还不允许别的同事享受。
第二是清丈土地，推行一条鞭法。明朝建立已经两百年了，土地兼并越来越严重，大户人家上下其手，和官府沆瀣一气，隐瞒田产，尽量少纳税甚至不纳税。徭役有的被直接免除了，有的花钱雇人去做。小门小户就没有办法，该交的税得交，该出的人得出。江南赋税标准很高，为了避税，不少老百姓把土地投献给了大地主，依附他们，平时按期交佃租，付出的代价比依附官府少了许多。随着时间的推移，朝廷掌握的土地、人口越来越少，为了确保财政收入，只能向农民加税，导致民怨沸腾。海瑞想要改变不合理的现象，准备清丈土地，把被侵占的土地归还农民。此事没有人可以例外，哪怕是徐阶，他们家侵占的二十多万亩都吐了出来，两个儿子发配充军，一个被免为庶民，帮助徐家为虎作伥的家奴大多被遣散。失地农民重新得到了土地，对海大人敬佩不已，这段时间，海瑞的民调飞速上涨，地主、官僚则伺机报复。