这三座大殿自永乐十五年开始修建，至永乐十八年方才落成。不料到了永乐十九年四月庚子日，突然天降巨雷，正正劈中了奉天殿的殿顶鸱吻，可笑那鸱吻本是用来辟火的神兽，却首当其冲遭了雷火之厄。这一场火从奉天殿开始烧起，绵延至谨身、华盖二殿，焰势之大，无人能近，更别说扑救了。大火燃烧了足足一天，最后三殿俱被焚毁，成了一片白地。
三大殿本是皇权正统的象征，突然遭此天灾，惹起了民间不少议论。开始有谣言传播，认为永乐皇帝以叔篡侄，以致惹怒天公。朱棣对此大为震怒，却也无可奈何，只得催促工部尽快重建，以杜天下悠悠之口。
可惜三大殿的规模太大，一直到永乐皇帝去世也未能完工。继位的洪熙皇帝一心想迁都回南京，连所有衙门名字前头都加了“行在”二字，自然更不会往这个大坑里继续扔钞银，只是碍于一个“孝”字，断断续续还开着工。
三大殿主体修复工程浩大，截止到目前，唯一接近完成的只有奉天殿的两侧辟火廊庑——奉天殿的两侧原本各有一条向东、西延伸的斜廊，在那一场大火中，这两条廊庑化为两条赤龙，把火势传到其他二殿。因此在重建初期，工部决定先修好这两条廊庑，但不是原样恢复，而是加做辟火。
