然而，历史现象是复杂的，事物的存在总是体现为一定的矛盾性、多样性。这条法则同样适用于晚清来华西方宗教。讲传教士充当西方列强的侵华工具，这是就其总体估价和问题的本质而言，并不意味着把所有的来华传教士都视为侵略者，他们做的每一件事都是侵华“罪行”。实际上有许多传教士只是虔诚的宗教徒，与该国政府并无多少瓜葛，对中国也没有什么恶感，甚至对中国的苦难抱有同情态度，在力所能及的范围内也做过一些对中国有益的事情。也可以说，晚清的西教东渐有着对中国近代文化发展有益的一面。其主要表现如下：
其一，介绍西学。西学，主要是西方科学技术知识在中国的传播，是中西文化交流史上的大事，对中国近代新文化的形成起着关键性的作用。而在西学东渐的过程中，来华传教士起到了媒介和桥梁的作用。尤其在中西文化交流的初期，这种作用更为明显。无论在明末清初，还是在晚清时期，都有大量传教士积极从事西书的翻译工作。西方的天文地理、声光化电等科学知识，经过他们的翻译（当然这里还有中国学者的配合）传入中国，丰富了中国人的知识结构，带来了中国思想界的新变化。传教士介绍科学的目的，是让人们接受宗教，皈依上帝，但读了这些书籍的中国人，多数却只相信科学，而并不信上帝，与传教士译书的初衷大相径庭。因为介绍西学，促进中西文化交流，是符合中国近代社会发展历史趋势的。传教士译书尽管有其特定的主观动机，但此举引起的客观后果却不以其主观意志为转移，客观上起了传播西学的作用。