蒙古的侵入青海，起于前四〇三年。明武宗正德四年。其酋长名亦不剌、阿尔秃厮。后阿尔秃厮为明朝所攻，遁去。而亦不剌和他的党羽卜儿孩，仍相继据有其地，役属番人。前三五三年，明世宗嘉靖三十八年。俺答和他的两个儿子宾兔、丙兔，袭取其地。留宾兔、丙兔守之，自此青海地方，为套部所有。漠南和西藏的交通，大为方便。这也是藏传佛教盛行于蒙古的原因。
天山南路，在元时，均属察合台后王，明初既定甘肃，于其西设安定，汉婼羌国地。阿端、曲先、酒泉县西南。罕东在安西县境。诸卫，均隶西宁。又设赤斤、在嘉峪关西三百四十里。沙州唐朝时沙州。二卫，隶肃州。再向西，就是哈密卫。新疆的哈密县。后来土鲁番强，新疆的吐鲁番县。哈密为其所并。并据罕东、赤斤。而曲先、安定二卫，则为亦不剌、阿尔秃斯所破。自是甘肃无复屏蔽，边患颇深。当这时候，分王天山南路各城的，还都是察合台的后裔。到后来，回教徒和卓木的后裔得势，而形势又一变。和卓木是回教教主摩诃末的后裔。当帖木儿强盛时，也极其相信回教。于是回教教徒，多聚集撒马儿罕和卓木以教主之后，尤是尊重。和卓木有两个儿子：长名加利宴，次名伊撒克。加利宴之后为白山宗。伊撤克之后为黑山宗。迁居到喀什噶尔，也极得人民信奉。其后遂渐代察合尔后王，握有南路政教之权。这是近世天山南路回教兴盛的一因。然而当这时候，蒙藏的交通既开，天山南路，介居其间，自不得不发生关系。而天山北路，又来了一个野心勃勃的卫拉特，其波澜就越扩而越大了。