清政府此时需要依靠曾国藩、李鸿章等人来维护其统治，但是慈禧又心有不甘。太平天国被镇压后，慈禧并没有像其他满朝大臣一般沉浸在“同治中兴”的虚幻中，她考虑得很深。曾国藩等汉族武装势力让她不敢小觑，尤其是曾国藩的势力让她心里发怵。曾国藩所创建的湘军已达十万之众，并且时任两江总督、督办江浙皖赣四省事务，权力和兵力实在太大，成了慈禧的心头之患。为了控制曾国藩，让他的权力不再那么集中，慈禧采取了压曾扶李的权术，让他们相互制衡，采取分而治之的策略，就这样李鸿章和曾国藩的关系在慈禧太后的权术下发生了微妙的变化。
曾国藩对权术有着自己深刻的理解，因此，当他知道慈禧的用意后，马上给李鸿章写了一封信，说湘军就如同已经射出去的箭，没有多大实力了，需要裁员，而淮军则是勇气强盛之时，不必裁员。
李鸿章对老师曾国藩作出的决定备感佩服，他敬佩恩师能将权位两字分析得如此透彻。于是，最终湘军大量裁减，而淮军除了一些老弱病残之外，精锐部队仍保留了建制。就这样，湘淮两军的实力已经发生了巨大的变化。慈禧压在心头的“石头”终于落地了，但是随之而来的消息又让她心惊胆寒：同治四年（1865年）5月，亲王僧格林沁在山东被捻匪击毙！由皇室直接控制的精锐部队遭到了覆灭，亲王也死在战场上，捻军的战斗力进一步加强。而刚刚获得短暂安宁的清王朝又再次陷入风雨飘摇的状态中。而李鸿章的淮军在剿灭捻军的过程中发挥了重要的作用。